[CONCEPT] Kraken report로 부터 Krona 시각화

1. kraken report 생성

kraken-report

--db kraken_db

--report kraken_report.txt

--show-zeros --use-names --header

--unclassified-out kraken_unclassified.txt

--classified-out kraken_classified.txt kraken_reads.fastq

 

2. krona 실행 및 html 생성

ktImportTaxonomy kraken_report.txt -o krona_plot.html

 

3. 생성한 html 실행

 

firefox  krona_plot.html

또는 다운받아서 그 위치에서 실행하기

또는 http=server 라이브러리 사용하기

 npm install http-server -g

 npx http-server

http://localhost:8080과 같은 주소를 열면 해당 HTML 파일을 볼 수 있습니다.

 

Generating Krona plots from Kraken data

 

 

에러1

Taxonomy not found. Was updateTaxonomy.sh run?

 

1번을 정확한 디렉토리 위치에서 수행했다면 2번은 수행하지 않아도 된다.