[STUDY] DEG analysis

1.

Is NF2 a Key Player of the Differentially Expressed Gene Between Spinal Cord Ependymoma and Intracranial Ependymoma?

 

목적 : intracranial ependymomas 와 spinal ependymomas 간의 유전자 발현 패턴을 찾아내어,
spinal ependymomas 의 치료 전략을 맞춤화하기 위함.

결론 : 

- 데이터 세트에서 유의미한 총 201개의 DEG 발견(105개의 상향 조절 및 96개의 하향 조절)

- 상향 조절된 상위 5개의 유전자는 ARX , HOXC6 , HOXA9 , HOXA5 및 HOXA3로써,  HOX 계열 유전자가 주로 과발현한다.

- gene onthology enrichment anlaysis 를 통해 intracranial ependymomas 와 spinal ependymomas 에서 “anterior/posterior pattern specification” and “neuron migration” 

 

METHODS

1. gene expression profile data

- 2 data sets GSE64415 and GSE21687

2. DEG analysis

- empirical Bayes method and multiple testing correction (Benjamini-Hochberg method)

- limma packge, in R 4.0

- threshold : |log2FC| > 2.0 and a false discovery rate (FDR) P < 0.01

3. Functional Enrichment Analysis

- DAVID (The Database for Annotation Visualization and Integration Discovery)

- Cytoscape, Bingo

- KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway)

4. Gene Set Enrichment Analysis

- was measured using the GSEA tool with the GO biological process gene set. 

- FDR of <0.05

 

2

Integrated bioinformatics analysis for the identification of potential key genes affecting the pathogenesis of clear cell renal cell carcinoma

목적 : Clear cell renal cell carcinoma (CCRCC) 의 분자적 병인을 밝혀내기 위한 병원성 바이와커 스크리닝

결론 : 

- 데이터 세트에서 유의미한 총 980개의 DEG 발견(429개의 상향 조절 및 551개의 하향 조절)

- CXC 모티프 케모카인 리간드 12, bradykinin 수용체 B2, adenylate cyclase 7, 칼슘 감지 수용체(CASR), kininogen 1 및 lysophosphatidic acid 수용체 5를 포함한 총 6개의 허브 유전자가 확인되었습니다. 허브 유전자의 DEG 결과는 The Cancer Genome Atlas 데이터베이스를 이용하여 검증하였으며, CASR은 CCRCC 환자의 예후와 유의한 관련이 있는 것으로 밝혀졌다

-허브 유전자의 DEG 결과는 The Cancer Genome Atlas 데이터베이스를 이용하여 검증

- CASR은 CCRCC 환자의 예후와 유의한 관련이 있는 것으로 밝혀졌다

 

METHODS

1. gene expression profile data

- 6 data sets GSE16441 , GSE36895 , GSE40435 , GSE46699 , GSE66270, GSE71963

2. DEG analysis

- limma packge, in R 3.42.2

- threshold : |log2FC| > 1.0 and a false discovery rate (FDR) P < 0.05

-RRA method, RobustRankAggreg v.1.1

 

3. Functional Enrichment Analysis

- DAVID, FDR < 0.05

- in Cytoscape+ STRING PPI network, MCODE plug-in

    - parameter : false degree cut-off, 2; K-Core, 2; haircut, true; node score cut-off, 0.2; fluf, false; maximum depth from seed, 100

   - and cytoHubba plug-in

- KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes pathway), corrected P<0.05.

 

4. TCGA

 

 

추가적으로 확인해볼 것

GO term level